Description du poste
La personne recrutée aura la charge de l’analyse bioinformatique des données de séquençage nouvelle génération (NGS) réalisées en génétique des cancers avec une activité partagée entre le laboratoire d’Hématologie (50%) et le Département de Pathologie (50%).Cette activité comprendra :
- La maintenance, la mise à jour et le développement des outils bioinformatiques et pipelines d'analyse permettant d’exploiter les données NGS : recherche de mutations somatiques, insertions/délétions, nombre de copies sur panels et exomes, fusions d’ARN (panel ARN et WTS) et méthylation (puces Infinium),
- Accompagner les analyses de routine et leur rendu en interaction avec les ingénieurs et les médecins/biologistes des services,
- Améliorer les performances analytiques et matérielles des outils et pipelines déjà mis en place dans les laboratoires dans le cadre de la démarche qualité (Accréditation ISO15189 en cours)
- Gérer l’infrastructure informatique associée aux séquenceurs NGS et l’archivage des données en relation avec les autres bioinformaticiens du pôle de Biologie et le service informatique du CHU. La personne recrutée évoluera dans une équipe dynamique et pluridisciplinaire. Elle sera facilement en contact avec les autres ingénieurs bioinformaticiens du site.
Le pôle de Biologie du CHU d’Angers porte un projet fédérateur de Génomique avec, entre autres, comme objectif le recrutement d’un deuxième bioinformaticien temps plein qui sera partagé entre le laboratoire d’Hématologie (50%) et le Département de Pathologie (50%). L’objectif est à long terme la constitution d’une équipe de bio-informaticiens dans les secteurs de génétique somatique et constitutionnelle travaillant en collaboration pour une mutualisation des connaissances et un partage des compétences. Le laboratoire d’Hématologie et le Département de Pathologie développent des projets de recherche fondamentale et translationnelle au sein de l’unité INSERM CRCI2NA présente dans le bâtiment IBS (https://urlz.fr/hFuY) et le(la) candidat(e) pourra participer aux activités de recherche.
Qualités requises :
- Intérêt pour la biologie et les sciences médicales
- Capacité à travailler en équipe et à interagir dans un environnement pluridisciplinaire : qualités relationnelles, d’écoute et de communication requises
- Rigueur et adaptabilité
- Dynamisme, autonomie, capacité organisationnelle
Autres détails
Compétences recherchées
- Bioinformatique
Profil recherché
Niveau Bac +5
Formation en bio-informatique
Une première expérience en analyse de données NGS humain est souhaitable
Connaitre les principales technologies de séquençage haut débit
- Maitriser des concepts et outils bioinformatiques pour le traitement des données NGS (recherche de variants y compris faible variant et UMI, CNV, RNA-fusion…)
- Maitriser les systèmes d'exploitation et les environnements Linux et Windows
- Maitriser les langages de programmation : BASH, Python, Json et R
- Posséder de bonnes pratiques de développement informatique (Git)
- Connaissance en système de gestion de bases de données (SQL)
- Connaissances complémentaires dans l’informatique (réseau, serveur, sécurité…)
- Compétences en anglais scientifique
Description de l'établissement
Le Centre Hospitalier Universitaire d’Angers, pôle de référence et d’appel en matière de santé, est leader en soins, enseignement, recherche et prévention.Il est l'un des premiers opérateurs santé de la région avec plus de 195 000 patients et 390 résidents par an et 1 745 lits et places.
À la fois établissement de soins de proximité et centre de recours et d’expertise, il concilie au quotidien innovation et solidarité.
Avec 9 pôles et 60 services cliniques médicaux-sociaux et biologiques, l’offre de soins du CHU couvre l’ensemble des spécialités médicales, chirurgicales et biologiques, dont la cancérologie. Les pathologies rares et complexes sont prises en charge par des centres de références et de ressources. Les compétences des équipes hospitalo-universitaires sont soutenues par un plateau technique de pointe.Au quotidien, l’activité du CHU s’inscrit dans une démarche de qualité et de sécurité des soins. Cette dynamique est portée jusqu’aux patients par chaque professionnel de santé. Des structures dédiées impulsent et coordonnent les actions réalisées dans ce cadre.Membre d’HUGO (GCS Hôpitaux Universitaires du Grand Ouest), le Centre Hospitalier Universitaire d’Angers est un pôle de recherche et d’enseignement supérieur.
Premier employeur du Maine-et-Loire, et l’un des premiers de la région des Pays de la Loire avec 6 900 salariés, le CHU participe également à la formation des futurs professionnels de santé.Une position qui en fait un acteur de cohésion sociale et l’un des premiers partenaires des autres établissements de santé publics et privés régionaux.
Pour aller plus loin : https://chu-angers.mstaff.co